演習問題の補足

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演習１７

  • MDのトラジェクトリーファイルが必要ですが、MDOUTを用意しました。
  • MDOUTのヒストグラムはmaxwell分布になるはずです。 gnuplotにて確かめることができます。くわしくは gnuplotのQuizの項を参考に。
  • ファイルを取ってくるには、ツールバーの’ファイル＞別名で保存’を選び、ファイル名を確認して保存すればできます。
  • このファイルはテキストファイルで、 5000 組の ( V_x, V_y, V_z ) が FORMAT( 3F8.3 )で書かれています。

    •     25個の同一粒子の200step分のtrajectoryがMDOUTに相当すると 考えて下さい。
        粒子の質量は同じなので、W＝1としてかまいません。
  •  そうすると、このMDOUTから25 atoms x 200 steps = 5000組の (Vx,Vy,Vz) を読み込むには、次のようにすれば良いでしょう。

    •          (１6ページの記述を参考に)

             -------------------------------------------------------------------------------
                   DIMENSION(1:5000) :: VX, VY, VZ
                   MAXSTP = 5000
                   DATA KIN / 1/
                   OPEN(KIN, FILE='MDOUT', STATUS='OLD', ACCESS='SEQUENTIAL' &
                   ,FORM='FORMATTED')

                   DO I=1,MAXSTP
                   READ(KIN, *,END=2000) VX(I), VY(I), VZ(I)

                   ここで各ステップにおける、各原子の 速度 VX(J), VY(J), VZ(J)
                   J=1,N ( Nは5000) の値を 解析し、ヒストグラムにセットする。

                   END DO

             2000  CLOSE(KIN, STATUS='KEEP')
             -------------------------------------------------------------------------------
     

        ta@theoc.kuchem.kyoto-u.ac.jp 2001.4.1